Zum Bau der Stiftskirche kam es, als Pfalzgraf Rudolf II. (1306-1353) durch sein Testament die Stiftung einer Kirche samt Personal (Kollegiatsstift) verfügte. Sein Nachfolger Ruprecht I. (1309-1390) setzte dies 1356 um. Hier sollte für die Wittelsbacher täglich eine Messe gehalten werden und die Kirche eine würdige Grabstätte des Fürstenhauses sein. Ruprecht I., Gründer der Heidelberger Universität (1386), wurde unter Kaiser Karl IV. höchster weltlicher Reichsfürst (Reichsvikar und Erztruchsess). Er ließ 1368 östlich der alten St. Ägidiuskirche den Chorraum bauen. Gleichzeitig wurde mit dem Bau des Südturms begonnen.
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Regelmäßig, samstags um 10:00 Uhr, bei besonderen Anlässen auch in der Nacht oder auf Anfrage, finden Turmführungen statt. Sie ermöglichen Einblicke in das Innere des Südturms, auf seine Glocken und gewähren einen Ausblick aus der Perspektive des Türmers, der Jahrhunderte über die Stadt wachte. Neben den Kirchenführungen lässt auch die Ursinusführung die Geschichte der Stiftskirche lebendig werden. Die Führung findet in und um die Kirche statt. Michael Landgraf erläutert als Reformator Zacharias Ursinus, wie der reformierte Glaube in der Pfalz Fuß fasste und von hier aus mit dem Heidelberger Katechismus von Ursinus in die Welt ging.
